An 2980. Les Sylvidres, des créatures végétales qui ont l'apparence de femmes, ont pour objectif de s'emparer de la Terre. Aidé de son équipage, le corsaire de l'espace Albator est le seul à lutter contre l'ennemi, les terriens ignorant la menace qui pèse sur eux...

En 2980 après JC, la Terre a été unifiée et l’humanité se livre à une paix paresseuse. Un jour, une mystérieuse sphère noire venue de l’espace s’écrase dans une région du Japon. Les gens pensent que c’est l’oeuvre des pirates de l’espace. C’est cependant incorrect. Il s’agit d’une balise radio lancée par des extraterrestres inconnus. Seules deux personnes s’en rendent compte.
L’un est le scientifique âgé, le professeur Valente, et l’autre le pirate de l’espace Albator. Le professeur Valente est assassiné. Son meurtre est l’oeuvre d’un serviteur de la reine Sylvidra, qui a envoyé la sphère. Convaincu que la Terre fait face à une invasion, Albator commence à combattre la flotte spatiale Sylvidre. Pendant ce temps, le fils du professeur Valente, Ramis, est convaincu qu’Albator est le coupable, et il monte à bord de son vaisseau, l’Atlantis. Ramis Valente dissipe progressivement son amertume envers Albator, et il gagne en maturité au fil de nombreuses batailles.