Vingt ans après une guerre apocalyptique, la surface de la Terre est recouverte par l'Océan. Conan, un jeune garçon à la force prodigieuse, coule des jours paisibles avec son grand-père sur une île perdue. Un jour, il découvre sur le rivage une jeune fille évanouie du nom de Lana. Celle-ci leur apprend l'existence d'autres survivants sur les îles d'Industria et Edenia, mais ses anciens ravisseurs ne tardent pas à la retrouver. Commence alors un long voyage pour ce couple de jeunes d'aventuriers.